《机动战士高达:跨时之战》的故事发生在夏亚引领吉翁公国军赢得一年战争的平行宇宙。这一历史转折点导致地球联邦与吉翁公国的势力格局剧变。在空中宇宙殖民卫星生活的女高中生天手让叶,与难民少女尼娅安相遇后被卷入非法MS决斗竞技“军团战”,她驾驶着神秘最新型MS“GQuuuuuuX(吉夸克斯)”投身其中,而被通缉的神秘MS“高达”驾驶员修司伊藤也出现在她们面前。自此,少女与少年的相遇,梦想就此交织,宇宙世纪开启了新的未来......
「機動戦士ガンダム」の富野由悠季監督が1989~90年に発表した全3巻の小説「機動戦士ガンダム 閃光のハサウェイ」をアニメーション映画化する3部作の第2部。「機動戦士ガンダム 逆襲のシャア」から12年後を舞台に、腐敗した地球連邦政府に反旗を翻す青年ハサウェイ・ノアの戦いを描く。 「シャアの反乱」と呼ばれた第2次ネオ・ジオン抗争から12年後の宇宙世紀105年(U.C.0105)。圧政を強いる地球連邦政府に対し、政府高官の暗殺という方法で抵抗を開始した反地球連邦組織「マフティー」。そのリーダー、マフティー・ナビーユ・エリンの正体は、一年戦争をアムロ・レイととも戦ったブライト・ノアの息子、ハサウェイ・ノアだった。不思議な力を示す少女ギギ・アンダルシアの言葉に翻弄されながらも、マフティーとしての目的遂行のため歩みを進めるハサウェイ。一方、マフティーを追う連邦軍大佐ケネス・スレッグは、刑事警察機構のハンドリー・ヨクサンから密約を持ちかけられる。ハサウェイとケネスがそれぞれの目的のために動くなか、ギギもまた自分の役割のため、ホンコンへと旅立つ。 ハサウェイ役の小野賢章、ギギ役の上田麗奈、ケネス役の諏訪部順一らメインキャストが前作に続いて出演。監督の村瀬修功、脚本のむとうやすゆき、音楽の澤野弘之らメインスタッフも続投した。
ジャブローでの防衛戦を耐えきった地球連邦軍は勢いのままにジオン地球進攻軍本拠地のオデッサを攻略すべく大反抗作戦に打って出た。アムロ達の乗るホワイトベースは作戦前の最後の補給を受ける為にベルファストへ向け航行。そんな中ホワイトベースにある任務が言い渡される。無人島、通称「帰らずの島」の残敵掃討任務。残置諜者の捜索に乗り出すアムロ達であったが、そこで見たのは、いるはずのない子供たちと一機のザクであった。戦闘の中でガンダムを失ったアムロは、ククルス・ドアンと名乗る男と出会う。島の秘密を暴き、アムロは再びガンダムを見つけて無事脱出できるのか…?
自第二次新吉翁战争结束了12年后的U.C.105年,因地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速,在强制平民前往宇宙的同时,也开始实施非人道的政策“人类狩猎”。 在这种局面下,反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”,在组织首领:“马夫蒂·纳比尤·艾林”(其真实身份是联邦军内素有声望的一年战争的功臣联邦军上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚)的带领下,针对地球联邦高官展开了暗杀等一系列恐怖活动。 继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔两人的思想,成为了为了内心的意志和道路而不断奋斗前行的战士哈萨维,却与联邦军上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇了,而这也是改变他们命运的相遇。